（二）主水液
肾主水液，主要是指肾脏具有主持和调节人体水液代谢的生理机能。人体水液代谢的调节，虽然与肺、脾、肝、肾等多个脏腑有关，但起主导作用的是肾，肾对水液代谢的调节作用，贯穿在水液代谢过程的始终。
肾主水液功能主要是通过肾的气化作用来实现的。所谓"气化"，是指肾中阳气的蒸化作用。肾阳蒸化水液，使水能气化，又能使气聚而为水，以利于水液在体内的升降出入、布散排泄，从而使水液代谢维持正常。具体来说，肾主水液的作用主要表现在以下三个方面：
首先是升清降浊。在水液代谢过程中，水液有清浊之分，所谓"清者"，即指含有营养成分的部分水液；所谓"浊者"，即指含有各种代谢废物的水液。清者上升，浊者下降，是水液在体内气化的基本规律。水液代谢，首先是通过脾胃的受纳、消化和运化，其精微部分转输于肺，通过宣发肃降，使清者上升，浊者下降归于肾。归于肾的水液虽名为浊，但其中仍含有清的部分，故在肾阳蒸化作用下，浊中之清可进一步蒸腾气化，复上升于肺，再次布散周身，这种生理过程，称为"肾的升清功能"。而其中的浊中之浊，则注入膀胱为尿，这个生理过程称为"肾的降浊功能"。因此，在肾的气化作用下，清升浊降，促进着体液的代谢，维持着人体水液代谢的平衡。
其次是司膀胱开合。膀胱的主要功能是贮尿、排尿，与肾的气化作用密切相关。贮尿要依靠肾气的固摄能力，排尿也要依靠其控制能力，故称此作用为肾司膀胱开合。开，则使尿液顺利排出体外；合，则使水津保留于体内，维持体内水液量的相对恒定。
另外是对肺、脾、肝、三焦等脏腑的功能活动有促进作用。肾阳为一身阳气的根本，是各脏腑功能活动的强大动力，只有在肾中阳气的温煦和蒸化作用下，脾运化水湿，肺通调水道，肝疏泄水液，三焦司水道之决渎，以及上述膀胱适度开合等，方能并行不悖，各守其职，协调一致，维持水液代谢的平衡。若肾有病变，失去主水之功能，往往会影响水液代谢，使之发生紊乱，出现尿少，水肿等病理表现。若肾阳不足，失去温化蒸腾作用，则表现为小便清长或尿量明显增多等症。
（三）主纳气
肾主纳气，是指肾具有摄纳肺所吸入之清气而调节呼吸的功能，防止呼吸表浅，保证体内外气体的正常交换。
人体的呼吸虽然由肺来主司，还必须有肾的参与才能维持正常。具体来说，由肺吸入之清气必须下达于肾，由肾来摄纳，方能保持呼吸运动的深沉和平稳，从而保证体内外气体得以正常交换。只有肺肾协调一致，呼吸功能才会正常。实际上肾主纳气是肾的封藏作用在呼吸运动中的具体体现。因此，肾的纳气功能正常，则呼吸均匀和调。如果肾的纳气功能减退，摄纳无权，则肺吸入之清气上逆而不能下行，即可出现呼吸表浅，动则气喘，呼多吸少，或呼吸困难等病症。从临床实际来看，往往在慢性气管炎、肺气肿、肺心病等疾患中，可见到"肾不纳气"的征象，治疗常用补肾纳气的方法，多可获得较好的效果。
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