(1)说明人体的病理变化
中医学认为疾病的发生，是人体的阴阳关系由于某种因素之影响而失去相对的平衡协调，从而出现偏盛偏衰的结果。疾病的发生、发展，关系到邪正两方面，正气与邪气，以及它们相互作用、相互斗争的关系，都可以用阴阳来予以概括说明。
病邪有阴邪、阳邪之分，正气则包括阴精与阳气两部分。所以，病理上的阴阳失调，多表现为阴阳某一方面的偏盛偏衰，且一方面之异常，亦必影响及另一方面。例如阳邪致病，可导致阳偏盛而伤阴，因而出现热证；阴邪致病，则可导致阴偏盛而伤阳，因而出现寒证；阳气虚损不能制阴，则可出现阳虚阴盛的虚寒证；阴液亏耗不能制阳，则可出现阴虚阳亢的虚热证。所以，《素问》说："阴胜则阳病，阳胜则阴病。阳胜则热，阴胜则寒。"又说："阳虚则外寒，阴虚则内热，阳盛则外热，阴盛则内寒。"因此，尽管疾病的变化复杂，但就其阴阳属性来说，亦不外阳盛、阴盛、阳虚、阴虚等四大类病变而已。
另外，机体阴阳任何一方虚损到一定程度，亦常导致对方之不足，即所谓"阳损及阴"和"阴损及阳"，最后则可导致阴阳两虚，气血双亏，此即慢性病常见之病理发展过程。
(2)说明人体的生理功能
中医生理学认为，人体正常的生命活动，是阴阳两方面对立统一协调平衡的结果。人体的生理功能，一方面表现为机体防御邪气侵袭的整体卫外功能，另一方面则表现为脏腑组织的功能活动。
从机体的防御机制来说，阳在外，为保护人体内部组织器官的卫外机能；阴在内，则为阳的物质基础，并为阳不断地储备和提供能量补充。
从脏腑功能活动来说，则五脏主藏精气为阴，六腑能消化、传导饮食水谷为阳。而每一脏腑之中又各有阴阳，凡是功能活动则属阳，而产生这些功能活动的器质和营养物质则属阴。如心有推动血液循环和主持精神意识思维活动的功能，此种功能属阳，而心血、心脏器质则属阴；肝有调节血量和精神情志的功能属阳，而肝血、肝脏器质则属阴；脾有运化水谷，输布精微，以及统摄血液循行的功能属阳，而脾的津液、脾脏器质则属阴；肺有主气司呼吸，协助心脏推动血行的功能属阳，而肺之津液、肺脏器质则属阴；肾有藏精生髓，主生殖发育，主持水液代谢等功能属阳，而肾精、肾脏器质则属阴。关于六腑，亦是如此，其功能属阳，而每一腑的器质则属阴。
对于人体整体生理上的阴阳关系，则主要强调其协调和平衡。如就人体机能状态而言，则机能兴奋属阳，机能抑制属阴；功能亢进属阳，功能减退属阴。而在生理活动中，兴奋和抑制、亢进和衰退等是互相拮抗的，并保持着相对的平衡状态。又如阳气和阴精的转化，阴精是化生阳气的物质基础，而阳气的作用又是在不断地产生着阴精，因而阳气和阴精，相互转化，相互为用，并保持着相对的平衡。故《素问》说："阴平阳秘，精神乃治。"
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